很久以前，无人居住的山里建立有人类最新的研究中心　　某日，研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走，人类费尽千辛万苦阻止了暴走，取回了和平……看起来是这样的　　回到和平生活的人们，为了预防敌人再次暴走袭来，而准备了巨大萝卜，并选出战士们进行训练，某日，这一天终于来临了　　站在袭来的敌人们面前的队伍，就是特命战队Go Buster！！ 他们的战斗，现在开始！...

平凡无奇的一天，普通高中生小俊（须贺健太 饰）连同美香（古畑星夏 饰）、小武（尾关陆 饰）被强势霸道的卓郎（阵内将 饰）胁迫来到一处废弃许久的小楼。他们在门口遇到了喜欢研究昆虫的同学小宏（圣也 饰），正当卓郎质问小宏为何出现在这里时，小楼的大门突然打开。感到疑惑的卓郎和美香走进屋里，而随之发生的事也促使小俊他们跟了进去。在阴森的小楼里，小俊见到了另一位先期出现在这里的同学堀川杏奈（入山杏奈 饰）。...