3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。　　最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。　　光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。　　时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。　　但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。　　当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之巨人...

时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。　　与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。　　一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。　　挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影...