本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。　　在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。　　在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游...

怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SSP和红凯（石黑英雄 饰）寻找大地。另一方面，时刻企图将美丽的东西变成宝石据为己有的邪恶外星女魔头穆鲁娜奥，而今正打算把地球变成宝石。与此同时，暗黑军团伽古拉也蠢蠢欲动。地球面...