狼人和吸血鬼之间的大战还在继续。当麦克尔（斯科特?斯比德曼 Scott Speedman 饰）和西丽妮（凯特?贝金赛尔 Kate Beckinsale 饰）还在企图以自己薄弱的能力阻止这场大战时，阴谋家们的杰作又诞生了――狼人和吸血鬼融合的具有超强能力的种族――“血族”。马克思（托尼?库兰 Tony Curran 饰）便是便是这个种族的第二代。他杀死了父亲，夺取了密钥和西丽妮的记忆，救出了一个是狼...

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点...